在陈柄章完成松花粉研究时，却与所里发生了一些纠纷，最重要的，是松花粉知识产权纠纷。

最初，因为顾陪英不是正式职工，研究所并不承认她享有开发成果，但在国家科委和林业部科技司的协调下，顾培英得以正名。

1996年，中国科委对松花粉系列技术的所有人做出裁决，判定“精制马尾松松花粉干燥技术、松花粉加工技术、松花粉贮藏技术”，“精制松花粉的设备设计和工艺流程”两项技术属于陈柄章夫妇的职务外发明，归二人独享。其他技术根据从属关系和协议，与有关单位分享。

但1997年，听取研究所意见后，国家科委作出改判，虽承认陈柄章有部分非职务发明，但将几乎所有技术均划归研究所所有。

1998年，在陈柄章的代理律师的要求下，国家科委经过详细调查，最终做出裁决，基本维持了1996年的观点。

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